Ważnym instrumentem UNESCO w dziedzinie nauki są międzynarodowe programy naukowe, w których aktywny udział biorą naukowcy polscy. Najważniejsze z nich to:
Międzyrządowy Program Hydrologiczny - IHP
Międzynarodowy Program "Człowiek i Biosfera" - MAB
Międzyrządowa Komisja Oceanograficzna - IOC
Międzynarodowy Program Nauk o Ziemi i Geoparków - IGGP