

Konferencja Generalna jest głównym organem decyzyjnym UNESCO. Tworzą ją przedstawiciele wszystkich krajów członkowskich. Określa ona strategię i główne kierunki pracy Organizacji. Przygotowuje i zatwierdza program i budżet UNESCO. Konferencja Generalna wybiera członków Rady Wykonawczej oraz co cztery lata mianuje Dyrektora Generalnego. Obrady Konferencji Generalnej zwoływane są, co dwa lata. Uczestniczą w nich przedstawiciele krajów członkowskich, krajów stowarzyszonych i na prawach obserwatorów kraje niezrzeszone, organizacje rządowe i pozarządowe. Każdy kraj posiada jeden głos, niezależnie od wkładu do budżetu organizacji. Oficjalnymi językami Konferencji Generalnej są: Angielski, Arabski, Chiński, Francuski, Hiszpański i Rosyjski.
Radę Wykonawczą tworzą przedstawiciele 58 krajów członkowskich. Jej skład odzwierciedla różnorodność kultur krajów należących do Organizacji, jest on ustalany w wyniku międzyrządowych negocjacji. Rada Wykonawcza skupia przedstawicieli krajów ze wszystkich regionów świata. Nadzoruje ona wdrażanie decyzji Konferencji Generalnej jak i ogół działań UNESCO. Spoczywa na niej również obowiązek przygotowywania obrad Konferencji Generalnej i opiniowania programu i budżetu Organizacji. Konferencja Generalna wyznacza zadania nad realizacją, których Rada Wykonawcza czuwa w perspektywie dwuletniej. Na funkcjonowanie Rady Wykonawczej maja również wpływ porozumienia zawarte między UNESCO a Narodami Zjednoczonymi i jej wyspecjalizowanymi agendami oraz innymi międzyrządowymi organizacjami. Rada wykonawcza zwoływana jest dwa razy do roku.
Sekretariat Organizacji tworzy Dyrektor Generalny wraz z podległą mu administracją. Dyrektor Generalny pełni rolę dyrektora wykonawczego. Formułuje on propozycje sposobu wdrażania decyzji Konferencji Generalnej i Rady Wykonawczej oraz przygotowuje projekt dwuletniego programu i budżetu. Podlegli mu pracownicy wprowadzają w życie zatwierdzony program. W organizacji zatrudnionych jest ponad 2000 osób z około 160 krajów (kwiecień 2003). Na skutek nowej strategii decentralizacji ponad 640 osób jest zatrudnionych w 53 biurach regionalnych UNESCO, rozrzuconych po całym świecie.
Sieć Komisji Narodowych reprezentuje Organizację w krajach członkowskich i w krajach stowarzyszonych. Do Organizacji należą 193 kraje, 6 państw posiada status krajów stowarzyszonych. Komisje stanowią ważny łącznik pomiędzy społeczeństwem obywatelskim a Organizacją. Dostarczają one UNESCO cennych opracowań, związanych z realizowanym programem i pomagają wprowadzać w życie liczne inicjatywy, takie jak programy szkoleń, badań, akcje uwrażliwiania społecznego i kampanie prasowe. Komisje rozwijają również partnerską współpracę z sektorem prywatnym, który angażuje się w działania firmowane przez UNESCO, wnosząc wkład techniczny i środki finansowe. UNESCO pełni szczególną rolę w Systemie Narodów Zjednoczonych i współpracuje z licznymi organizacjami o zasięgu regionalnym i narodowym. Około 330 organizacji pozarządowych utrzymuje oficjalne relacje z Organizacją, a kilkaset współpracuje z nią w ramach konkretnych projektów.
Budżet. Działania UNESCO są finansowane z budżetu regularnego i ze środków pozabudżetowych. Dwuletni budżet regularny jest finansowany przez Państwa członkowskie ze składek, których wysokość dla każdego kraju jest określona. Budżet regularny na lata 2004 -2005 wynosi 610 mln USD. UNESCO dysponuje również środkami pozabudżetowymi zasilającymi poszczególne programy, a w szczególności działania w terenie oraz mającymi na celu poszerzenie kręgu odbiorców poszcególnych programów. W latach 2002-2003 środki pozabudżetowe wyniosły 400 milionów USD.