W każdym kraju członkowskim UNESCO, w którym istnieje program Szkół Stowarzyszonych, powoływany jest koordynator krajowy. Może nim być osoba pracująca w komitecie narodowym UNESCO, w ministerstwie edukacji lub kultury, nauczyciel pracujący w szkole, etc. Istotne jest, aby była przekonana do idei propagowanych przez UNESCO, zorientowana w dziedzinie edukacji, znała język angielski lub francuski (języki pracy UNESCO). Koordynator powinien posiadać cechy lidera: umiejętność nawiązywania kontaktów i motywowania do działania, zdolności organizacyjne.

Koordynator krajowy Szkół Stowarzyszonych UNESCO zarządza programem na poziome kraju: tworzy i aktualizuje listę placówek należących do sieci, informuje szkoły o nowych programach, materiałach dydaktycznych, konferencjach, o datach z kalendarza UNESCO, pozyskuje i przekazuje szkołom publikacje przydatne do realizacji zadań, wspiera w poszukiwaniu środków finansowych, pomaga w poszukiwaniu placówek partnerskich, organizuje corocznie spotkania przedstawicieli szkół, analizuje sprawozdania roczne szkół i przesyła raport na temat ich aktywności do koordynatora międzynarodowego.

Wykaz koordynatorów Szkół Stowarzyszonych UNESCO na świecie dostępny jest w portalu UNESCO.

Koordynator międzynarodowy, którego siedzibą jest UNESCO, zarządza całą siecią Szkół Stowarzyszonych UNESCO, organizuje regionalne i światowe spotkania koordynatorów krajowych, przekazuje informacje o ważnych dla szkół ustaleniach i propozycjach UNESCO, decyduje o przyjęciu do programu Szkół Stowarzyszonych nowych placówek i usunięciu tych, które zaniechały aktywności.