Konferencja Generalna jest głównym organem decyzyjnym UNESCO. Tworzą ją przedstawiciele wszystkich krajów członkowskich. Określa ona strategię i główne kierunki pracy Organizacji. Przygotowuje i zatwierdza program i budżet UNESCO. Konferencja Generalna wybiera członków Rady Wykonawczej oraz co cztery lata mianuje Dyrektora Generalnego. Obrady Konferencji Generalnej zwoływane są, co dwa lata. Uczestniczą w nich przedstawiciele krajów członkowskich, krajów stowarzyszonych i na prawach obserwatorów kraje niezrzeszone, organizacje rządowe i pozarządowe. Każdy kraj posiada jeden głos, niezależnie od wkładu do budżetu organizacji. Oficjalnymi językami Konferencji Generalnej i Rady Wykonawczej są: angielski, arabski, chiński, francuski, hiszpański i rosyjski. Językami roboczymi UNESCO, używanymi w korespondencji i w pracach gremiów międzynarodowych są angielski i francuski.
Radę Wykonawczą tworzą przedstawiciele 58 krajów członkowskich. Jej skład odzwierciedla różnorodność kultur krajów należących do Organizacji, jest on ustalany w wyniku międzyrządowych negocjacji. Rada Wykonawcza skupia przedstawicieli krajów ze wszystkich regionów świata. Nadzoruje ona wdrażanie decyzji Konferencji Generalnej, jak i ogół działań UNESCO. Spoczywa na niej również obowiązek przygotowywania obrad Konferencji Generalnej i opiniowania programu i budżetu Organizacji. Konferencja Generalna wyznacza zadania, nad realizacją których czuwa Rada Wykonawcza. Na funkcjonowanie Rady Wykonawczej mają również wpływ porozumienia zawarte między UNESCO a Narodami Zjednoczonymi i jej wyspecjalizowanymi agendami oraz innymi międzyrządowymi organizacjami. Rada Wykonawcza zwoływana jest dwa razy do roku.
Sekretariat Organizacji tworzy Dyrektor Generalny wraz z podległą mu administracją. Dyrektor Generalny pełni rolę dyrektora wykonawczego. Formułuje on propozycje sposobu wdrażania decyzji Konferencji Generalnej i Rady Wykonawczej oraz przygotowuje projekt programu na cztery lata i projekt budżetu. Podlegli mu pracownicy realizują zatwierdzony program. Pracownicy zatrudnieni są w Sekretariacie UNESCO w Paryżu i w 55 biurach terenowych, funkcjonujących we wszystkich regionach.
Komitety Narodowe. Do Organizacji należy 195 krajów członkowskich, a ponadto 10 krajów o statusie członków stowarzyszonych. Komitety Narodowe działają w 199 krajach. Ustanawiane przez rządy, stanowią ważny łącznik pomiędzy społeczeństwem obywatelskim a Organizacją. Dostarczają opracowań, związanych z realizowanym programem i pomagają wprowadzać w życie liczne inicjatywy, takie jak programy szkoleń, badań, akcje uwrażliwiania społecznego i kampanie prasowe. Komitety rozwijają również partnerską współpracę z sektorem prywatnym, który angażuje się w działania firmowane przez UNESCO, wnosząc wkład techniczny i środki finansowe. UNESCO pełni szczególną rolę w Systemie Narodów Zjednoczonych i współpracuje z licznymi organizacjami o zasięgu regionalnym i narodowym. Około 380 organizacji pozarządowych utrzymuje oficjalne relacje z Organizacją, a kilkaset współpracuje z nią w ramach konkretnych projektów.
Budżet. Działania UNESCO są finansowane z budżetu regularnego i ze środków pozabudżetowych. Dwuletni budżet regularny jest finansowany przez Państwa członkowskie ze składek, których wysokość dla każdego kraju jest określona. UNESCO dysponuje również środkami pozabudżetowymi, zasilającymi poszczególne programy, a w szczególności działania w terenie oraz mającymi na celu poszerzenie kręgu odbiorców poszczególnych programów.